Die Oberstadt, Città Alta (ital. città = Stadt, alta = hoch), die heute ganz unter Denkmalschutz steht, zieht sich wie ein Amphitheater an einer Anhöhe empor und ist vollständig mit einer fünf Kilometer langen Stadtmauer umgeben. Die heutigen Mauern stammen aus dem 16. Jahrhundert und beinhalten mehrere Bastionen. Das Zentrum der historischen Oberstadt ist die Piazza Vecchia, an der das mittelalterliche Rathaus Palazzo della Ragione mit dem Stadtturm Torre Civica steht.

Dahinter, auf der Piazza del Duomo, dem Domplatz, steht links der Dom von Bergamo Duomo di Bergamo, die Cattedrale di Sant'Alessandro Martire, (ursprünglich von Filarete erbaut, ab dem 15. Jahrhundert mehrfach umgebaut) mit Kuppel und klassizistischer Fassade. In der Apsis des Chores ist eine Darstellung des Martyriums des Bischofs San Giovanni von Tiepolo (1745) zu sehen. Das Chorgestühl von 1695 zeigt aufwendige Schnitzarbeiten. In der Cappella del Crocifisso an der Nordseite des Längsschiffes wird ein Kruzifix aus dem 16. Jahrhundert aufbewahrt. Sie dient als Sakramentskapelle. Vom rechten Querschiff gelangt man in die Kapelle des hl. Papstes Johannes XXIII. mit einer Bronzestatue und Reliquien des Papstes. In der Krypta unter dem Chor ruhen bischöfliche Sarkophage. Eine Gedenktafel verzeichnet 84 Bischöfe von Bergamo beginnend mit dem hl. Narnus (4. Jahrhundert) und dem hl. Viator (343–344) bis 2009.